En 1896, le capitaine Marchand quitte Toulon avant une dizaine d’officiers français pour rallier le Congo Français. Une fois sur place, il recrute 150 tirailleurs et, avec cette poignée d’hommes, prend le chemin de Fachoda, dans la région du Haut-Nil. Il traverse alors la moitié de l’Afrique dans des conditions dantesques et atteint sa destination en juillet 1898. Personne ne sait alors où se trouve la colonne Marchand.
La région du Haut-Nil est à cette époque un point stratégique de très grande importance. Une mainmise française à Fachoda pourrait en effet exercer une pression insupportable sur l’Égypte et remettre ainsi en cause la domination anglaise. Or, cette domination est indispensable à la survie de l’Empire colonial anglais, le canal de Suez permettant aux Britanniques de rejoindre l’Inde sans avoir à contourner l’Afrique.
En septembre 1898, deux vapeurs mahdistes approchent de Fachoda où ils sont reçus par des coups de feu. Le monde apprend alors avec stupeur la présence des Français sur le Haut-Nil. Une armée anglo-égyptienne commandée par Lord Kitchener se trouve au même moment un peu au sud. Lord Kitchener en profite pour se rendre à Fachoda où il rencontre le capitaine Marchand.
Très vite, les tensions montent entre les deux pays et une véritable psychose de guerre s’installe. Le gouvernement français finira par céder début novembre 1898. Anglais comme Français se sont rendus compte qu’une guerre européenne pour des raisons coloniales était trop risquée. Les Français pouvaient craindre une intervention allemande, tandis que les Anglais se méfiaient des Russes.
Par contraste, l’affaire de Fachoda a entraîné un règlement général des tensions coloniales entre la France et l’Angleterre et un rapprochement entre les deux gouvernements. Ce rapprochement est le premier signe d’un réchauffement qui se concrétisera par l’Entente Cordiale.